怀孕三个月肚子刺痛可能由以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现间歇性的收缩，引起肚子刺痛。这种疼痛通常是轻微的，并且不会持续很长时间。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，连接子宫的韧带也会被拉伸。这可能会导致腹部出现牵拉感和刺痛。这种疼痛通常在活动后或变换体位时加重，但在休息后会缓解。
3.其他原因：有时候，肚子刺痛可能与其他因素有关，如消化不良、肠痉挛、腹部肌肉拉伤等。此外，某些疾病，如阑尾炎、盆腔炎等，也可能导致腹部疼痛。
需要注意的是，如果肚子刺痛伴有阴道出血、剧烈疼痛、发热等异常症状，或者疼痛持续时间较长、频率较高，应及时就医，以排除其他潜在的问题。在怀孕期间，应注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持良好的饮食习惯，避免食用刺激性食物。如果对腹部疼痛有任何疑虑或担忧，最好咨询医生的意见。