EGFR基因突变检测方法主要包括以下几种：
1.直接测序法：是检测EGFR基因突变的金标准，可检测已知的EGFR基因突变类型，但检测范围有限，可能会漏检一些罕见的突变。
2.实时荧光定量PCR（qPCR）法：该方法具有特异性强、灵敏度高、重复性好等优点，可用于检测EGFR基因突变，但需要设计特异性引物和探针，且不能检测未知的突变类型。
3.基因芯片法：该方法可以同时检测多个基因的突变情况，检测范围广，但成本较高，操作复杂，需要专业的技术人员。
4.二代测序（NGS）法：该方法可以检测已知和未知的EGFR基因突变，具有高通量、高分辨率等优点，但成本较高，数据分析复杂。
综上所述，不同的EGFR基因突变检测方法各有优缺点，临床医生应根据患者的具体情况选择合适的检测方法。同时，为了提高检测结果的准确性，还需要注意标本的采集、处理和质量控制等环节。