细菌是单细胞生物，有细胞结构，大小一般比病毒大，在适宜环境中能独立生长繁殖；病毒无细胞结构，需寄生在活细胞内才能进行生命活动。
形态结构差异
细菌形态多样，有球状、杆状、螺旋状等，具有细胞壁、细胞膜、细胞质等细胞结构；病毒结构简单，由蛋白质外壳和内部的遗传物质组成，形态多为球状、杆状、蝌蚪状等。
生存方式不同
细菌可在土壤、水、人体体表等多种环境中独立生存，部分细菌还能进行腐生或寄生生活，但相对独立；病毒必须寄生在宿主的活细胞内，依靠宿主细胞提供的物质和能量来完成自身的生命活动。
对药物的反应有别
抗生素对细菌感染有较好的治疗作用，因为抗生素能作用于细菌细胞的特定结构或代谢过程；而病毒感染一般需要特定的抗病毒药物，普通抗生素对病毒无效，因为病毒没有细菌那样的细胞结构来被抗生素作用。
引发疾病特点有分
细菌感染引起的疾病，如肺炎链球菌引起的肺炎，症状相对较易通过抗生素控制；病毒感染引起的疾病，像流感病毒引发的流感，具有较强的传染性，部分病毒感染目前缺乏特效治疗药物，主要靠自身免疫等方式恢复。对于儿童等特殊人群，细菌或病毒感染都需密切关注，儿童免疫系统尚不完善，感染后更要及时就医判断是细菌还是病毒感染，采取合适措施。