屁眼发痒可能由多种原因引起，常见的有局部清洁不当、肛门直肠疾病、寄生虫感染等。
局部清洁不当
若日常不注意肛门局部清洁，粪便残渣等刺激肛周皮肤，就易导致屁眼发痒。尤其排便后未洗净，残留物质会持续刺激肛周。
肛门直肠疾病
像痔疮、肛裂、肛瘘等肛门直肠疾病，会使分泌物增多，这些分泌物刺激肛周皮肤，从而引发瘙痒。例如痔疮患者，痔核脱出可能伴有分泌物渗出，长期刺激肛周就会发痒。
寄生虫感染
常见的是蛲虫感染，尤其在儿童中较为多见。蛲虫在夜间会爬到肛门周围产卵，刺激肛周皮肤，导致屁眼发痒，尤其夜间症状可能更明显。
皮肤疾病
如肛周湿疹，这是一种常见的肛周皮肤炎症性疾病，会出现肛周皮肤瘙痒、红斑、丘疹等表现；还有神经性皮炎，也可能累及肛周，引起瘙痒症状。