怀孕后不确定孩子父亲是谁，可考虑以下方法：
1.计算排卵期：若月经规律，可通过末次月经时间和月经周期计算排卵期，在排卵期内多次同房的男性都有导致怀孕的可能。
2.进行亲子鉴定：可在怀孕16周后，通过抽取羊水或胎儿绒毛组织进行亲子鉴定，确定孩子的生物学父亲。
3.考虑终止妊娠：若无法确定孩子父亲或不愿意继续妊娠，可考虑终止怀孕。终止妊娠的方式包括药流和人工流产，需在医生的指导下选择合适的方法。
需要注意的是，以上方法均存在一定的局限性和风险，应在医生的指导下进行。同时，在性行为中应注意采取避孕措施，避免意外怀孕和性传播疾病的发生。