牙齿根管治疗第二次封药后特别疼，可能是以下原因引起：
1.药物刺激：根管治疗中，封药后药物可能会对根尖周组织产生刺激，引起短暂的疼痛。这种疼痛通常会在1-3天内自行缓解。
2.牙髓炎症加重：如果根管治疗不彻底，或在封药过程中细菌再次感染，可能会导致牙髓炎症加重，引起疼痛。
3.牙根纵裂：在根管治疗过程中，如果器械操作不当，可能会导致牙根纵裂，从而引起疼痛。
4.其他原因：如治疗过程中损伤了邻牙、牙龈或其他组织，也可能导致疼痛。
如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医，医生会根据具体情况进行检查和处理。在等待就医期间，可以采取以下措施缓解疼痛：
1.口服止痛药：如布洛芬、对乙酰氨基酚等，可以缓解疼痛。但应按照说明书的剂量和使用方法服用，避免过量使用。
2.局部冷敷：用冰袋或冷毛巾敷在疼痛的部位，每次15-20分钟，每天数次。冷敷可以减轻肿胀和疼痛。
3.避免用患侧咀嚼：尽量避免用患侧咀嚼食物，以免加重疼痛。
4.保持口腔清洁：使用温和的盐水漱口，保持口腔清洁，有助于预防感染。
需要注意的是，以上措施只能缓解疼痛，不能解决根本问题。如果疼痛持续不缓解或出现其他异常症状，应及时就医，以便进行进一步的诊断和治疗。