月经干净第二天就同房是否会怀孕，需要根据个人情况进行分析，不能一概而论，具体分析如下：
1.不会怀孕：如果女性月经周期规律，经期较短，月经干净后第二天属于安全期，此时同房一般不会怀孕。安全期是指月经前7天和月经后8天，在此期间，女性体内一般不排卵，受孕概率较低。安全期并非绝对安全，如果女性月经不规律或受到其他因素影响，排卵时间可能会提前或推迟，此时同房就有可能怀孕。
2.可能怀孕：如果女性月经周期不规律，或者存在其他影响排卵的因素，如内分泌失调、多囊卵巢综合征等，那么在月经干净后第二天同房也可能会怀孕。此外，如果在同房过程中没有采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等，也会增加怀孕的风险。
需要注意的是，精子在女性体内可以存活3-5天，因此在月经干净后的几天内同房，都不能完全排除怀孕的可能。如果没有怀孕的计划，建议在同房时采取有效的避孕措施，以避免意外怀孕。如果出现月经推迟、恶心、呕吐等症状，应及时进行验孕检查，以确定是否怀孕。