小便时尿道有疼痛感可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因和建议：
1.尿路感染：如尿道炎、膀胱炎等，通常还会伴有尿频、尿急、尿不尽等症状。可遵医嘱服用左氧氟沙星片、阿莫西林胶囊等药物进行治疗。
2.前列腺炎：多见于中青年男性，可表现为尿频、尿急、尿痛，排尿时尿道不适或灼热，还可能伴有会阴部、耻骨上区、腹股沟区等部位的疼痛。可服用盐酸坦索罗辛缓释胶囊、前列舒通胶囊等药物进行治疗。
3.尿道结石：结石可刺激尿道黏膜，引起疼痛，还可能伴有排尿困难、血尿等症状。较小的结石可通过多饮水、多运动自行排出，较大的结石则需要进行体外冲击波碎石或手术取石。
4.其他：尿道口炎、膀胱炎、肾盂肾炎等也可能导致小便时尿道疼痛。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他严重症状，如高热、血尿、排尿困难等，应及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，应注意个人卫生，多喝水，勤排尿，避免憋尿，避免食用辛辣刺激性食物。