小阴唇变黑主要与生理因素有关，这是正常的色素沉着过程，通常在青春期后开始出现，受体内激素变化影响，雌激素水平升高会促使局部黑色素细胞活跃，导致色素沉积，一般在10 - 20岁左右开始明显。
遗传因素影响
遗传基因会决定个体皮肤及黏膜的色素基础，若家族中女性普遍有小阴唇较早或较明显变黑的情况，个体受遗传影响出现小阴唇变黑的时间可能相对较早，这是由基因所携带的色素代谢相关信息决定的。
性生活影响
性生活过程中局部的摩擦等刺激，会使得小阴唇部位的血液循环和代谢发生变化，长期的刺激可能会进一步促进黑色素的沉积，一般在开始有规律性生活后，随着时间推移可能逐渐观察到小阴唇颜色的变化。
年龄增长因素
随着年龄的增长，人体的各项生理机能会发生变化，皮肤的新陈代谢速度减慢，黑色素更容易沉积在小阴唇部位，通常30岁以后这种色素沉着可能会相对更明显，这是机体衰老在局部皮肤黏膜上的一种表现。
健康状况相关
一些内分泌疾病可能会影响激素水平，间接导致小阴唇部位黑色素异常沉积，比如多囊卵巢综合征等疾病，会使体内激素失衡，进而影响局部色素代谢，出现小阴唇变黑的情况，特殊人群如患有此类疾病的女性更需关注自身内分泌状况。