例假结束第三天进行性行为一般不会怀孕，但不能排除怀孕的可能。
例假结束第三天属于安全期，此时进行性行为，怀孕的概率较低。然而，女性的排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响，出现提前或推迟的情况，因此安全期并不绝对安全。
如果没有怀孕计划，建议在进行性行为时采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。此外，还需要注意以下几点：
生殖系统感染：例假期间，女性的生殖系统处于充血状态，此时进行性行为容易将细菌带入阴道，引起感染。因此，建议在例假结束后等待一段时间再进行性行为。
心理因素：第一次同房可能会引起女性的紧张和焦虑情绪，这些情绪可能会影响内分泌系统，导致月经失调。放松心情，缓解压力，有助于维持月经的正常规律。
个人卫生：保持良好的个人卫生习惯，如勤洗澡、勤换内裤，有助于预防生殖系统感染。
总之，例假结束第三天进行性行为怀孕的概率较低，但不能完全排除怀孕的可能。如果担心怀孕，可以在性行为后72小时内服用紧急避孕药。同时，建议采取有效的避孕措施，以避免不必要的意外怀孕和生殖系统感染。如果出现月经失调、下腹疼痛等异常症状，应及时就医，明确原因。