阴茎皮下长小硬疙瘩可能是皮脂腺异位症、阴茎珍珠状丘疹、尖锐湿疣等原因引起，需要根据具体情况进行处理。
1.皮脂腺异位症：可能与内分泌因素、局部刺激等有关，可表现为阴茎皮下的针尖至粟粒大小的半球形丘疹，颜色可为淡黄色或白色。一般无明显症状，通常不需要治疗。如果觉得影响美观，或出现瘙痒、疼痛等不适，可通过激光、冷冻等物理方法去除。
2.阴茎珍珠状丘疹：病因尚未完全明确，可能与包皮过长、局部刺激等有关，表现为阴茎冠状边缘和冠状沟出现的珍珠状、半透明丘疹，可为白色、黄色或红色。本病一般无自觉症状，也不需要治疗。如果患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等物理方法去除丘疹，也可通过包皮环切术治疗包皮过长。
3.尖锐湿疣：主要由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，可通过性接触传播。初起为单个或多个散在的淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，后逐渐增大增多，可呈乳头状、菜花状、鸡冠状。一般无明显自觉症状，部分患者可有异物感、灼痛、刺痒或性交不适。可通过外用药物（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）、物理治疗（如激光、冷冻、电灼等）、手术治疗（如疣体切除术等）等方法去除疣体。
4.其他：阴茎皮下长小硬疙瘩还可能是传染性软疣、脂肪瘤、表皮样囊肿等原因引起。
如果发现阴茎皮下长小硬疙瘩，建议及时就医，以明确诊断，并在医生的指导下进行相应的治疗。同时，要注意保持局部清洁卫生，避免搔抓、挤压，以免引起感染。