一般来说，月经第三天可以去办理健康证，通常不会对健康证的办理产生影响，但具体情况可能因个体差异而异。
在月经期间，女性的身体可能会出现一些不适，如腹痛、疲劳、情绪波动等，但这些症状通常不会影响健康证的检查项目。健康证的办理通常包括身体检查、胸透、血常规、尿常规等项目，这些检查主要是评估个人的身体健康状况，而不是特定于月经期间。
然而，以下几点需要注意：
1.个人身体状况：如果女性在月经期间出现严重的不适症状，如剧烈腹痛、大量出血或其他异常情况，建议咨询医生的意见，以确保身体状况适合进行健康证的办理。
2.妇科检查：如果健康证的办理包括妇科检查，如白带常规、B超等，最好在月经结束后进行，因为月经期间进行妇科检查可能会影响检查结果的准确性。
3.注意个人卫生：在办理健康证的过程中，要注意保持个人卫生，避免感染。
4.携带相关证件：办理健康证需要携带身份证、照片等相关证件，确保证件齐全。
总之，月经第三天一般可以去办理健康证，但最好在办理前咨询医生或健康证办理机构，以了解具体的注意事项和要求。同时，保持良好的生活习惯和健康的身体状况，对于顺利办理健康证也是非常重要的。