孩子打过预防针后发烧39度，可采取以下方法治疗：
1.物理降温：用温水擦拭手心、腋窝、腹股沟等部位，或使用退热贴。
2.多喝水：多喝水可以促进新陈代谢，帮助孩子降温。
3.观察病情：密切观察孩子的病情变化，如出现精神萎靡、呼吸急促等异常情况，应及时就医。
4.服用退烧药：如果孩子体温持续升高或出现高热惊厥等症状，可在医生的指导下服用退烧药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。
5.就医治疗：如果孩子发烧持续时间较长或体温较高，应及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，不同的孩子对预防针的反应可能不同，如果孩子打过预防针后出现发烧等不适症状，家长应及时带孩子就医，以便及时诊断和治疗。同时，在孩子接种预防针后，家长应注意观察孩子的身体状况，避免孩子着凉、感染等，以减少不良反应的发生。