大拇指指甲中间凹陷可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.营养不良：缺乏某些营养素，如铁、蛋白质、维生素等，可能导致指甲凹陷。
2.甲癣：由真菌感染引起的指甲病变，可导致指甲变形、凹陷。
3.扁平苔藓：一种自身免疫性疾病，可影响指甲和皮肤，导致指甲凹陷。
4.银屑病：一种慢性皮肤病，指甲病变是其常见表现之一，可出现指甲凹陷、增厚、变色等。
5.湿疹：皮肤炎症性疾病，也可累及指甲，导致指甲凹陷。
6.外伤：指甲受到外伤，如挤压、碰撞等，可能导致指甲凹陷。
7.其他：某些系统性疾病，如心脏病、糖尿病等，也可能影响指甲的健康。
如果发现大拇指指甲中间凹陷，建议及时就医，进行相关检查，以确定具体原因。医生可能会进行以下检查：
1.身体检查：检查指甲周围的皮肤、甲沟等，以排除感染或其他皮肤疾病。
2.实验室检查：如血常规、微量元素检查、真菌检查等，以确定是否存在营养不良或真菌感染。
3.自身抗体检查：对于怀疑自身免疫性疾病的患者，可能需要进行自身抗体检查。
4.其他检查：根据具体情况，医生可能会建议进行其他相关检查，如皮肤镜检查、影像学检查等。
治疗方法取决于病因。以下是一些常见的治疗方法：
1.补充营养素：如果是营养不良导致的指甲凹陷，医生可能会建议补充相应的营养素，如铁、蛋白质、维生素等。
2.抗真菌治疗：如果是甲癣引起的指甲凹陷，需要使用抗真菌药物进行治疗。
3.免疫调节治疗：对于自身免疫性疾病引起的指甲凹陷，可能需要使用免疫调节药物。
4.治疗原发病：对于由其他系统性疾病引起的指甲凹陷，需要积极治疗原发病。
5.指甲护理：保持指甲清洁、干燥，避免过度修剪指甲，避免接触刺激性物质。
需要注意的是，指甲凹陷的原因可能比较复杂，需要综合考虑多种因素。在治疗过程中，患者应遵循医生的建议，按时用药，并注意指甲的护理。同时，如果指甲凹陷伴有其他症状，如疼痛、变色、肿胀等，应及时就医，以便进行进一步的诊断和治疗。