夜里小便后肚子疼可能由以下原因引起：
1.膀胱炎：膀胱炎是膀胱的炎症，常由细菌感染引起。炎症刺激可导致尿频、尿急和尿痛，包括小便后肚子疼。常见症状还包括尿液混浊、尿血等。治疗膀胱炎通常采用抗生素治疗，如头孢呋辛酯、阿莫西林等。
2.尿道炎：尿道炎是尿道的炎症，也可能导致小便后肚子疼。此外，还可能出现尿频、尿急、尿痛等症状。治疗尿道炎一般使用抗生素，如左氧氟沙星、环丙沙星等。
3.前列腺炎：男性前列腺发炎时，也可能出现夜里小便后肚子疼的情况，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽、排尿困难等症状。治疗前列腺炎的方法包括药物治疗和物理治疗，药物如前列康舒胶囊、前列安栓等。
4.其他：妇科疾病、肠道疾病等也可能导致类似症状。
如果出现夜里小便后肚子疼的情况，建议及时就医，进行相关检查，如尿液检查、超声检查等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，保持尿道口清洁，多喝水，避免憋尿。如果症状持续不缓解或加重，应及时复诊。