膝盖蹲下疼的原因有很多，常见的原因包括：
1.髌骨软化症：（1）病因：是髌骨软骨面的损伤。（2）原理：由于髌骨的后侧面大部分为软骨结构，当膝关节屈伸活动时，髌骨与股骨髁之间反复摩擦、互相撞击，就容易导致髌骨软化。
2.半月板损伤：（1）病因：半月板损伤与年龄、运动、退变等因素有关。（2）原理：半月板是膝关节内的纤维软骨结构，可缓冲压力、稳定膝关节。当半月板受到外力损伤时，可能会出现破裂、撕裂等情况，导致膝盖在蹲下时疼痛。
3.膝关节骨性关节炎：（1）病因：与年龄增长、肥胖、劳损、创伤、炎症等因素有关。（2）原理：膝关节的关节软骨发生退变，导致膝关节出现疼痛、肿胀、畸形等症状。
4.其他原因：（1）滑膜皱襞综合征：滑膜皱襞在膝关节屈伸时，可能会受到挤压或牵拉，引起疼痛。（2）髌前滑囊炎：髌前滑囊受到炎症刺激时，可导致膝盖前方疼痛。（3）韧带损伤：膝关节周围的韧带损伤，也可能会引起膝盖疼痛。
针对不同原因引起的膝盖蹲下疼，治疗方法也有所不同。如果疼痛症状较轻，可以采取休息、热敷、按摩等方法缓解。如果疼痛症状较为严重，或经过保守治疗后症状无明显改善，可能需要采取药物治疗、物理治疗、手术治疗等方法。
需要注意的是，引起膝盖蹲下疼的原因较为复杂，建议及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在日常生活中，要注意保护膝关节，避免过度劳累、长时间下蹲、上下楼梯等，以免加重病情。