连花清瘟胶囊和清开灵颗粒的区别主要体现在以下几个方面：
1.成分不同：连花清瘟胶囊主要成分包括连翘、金银花、炙麻黄、炒苦杏仁、石膏、板蓝根、绵马贯众、鱼腥草、广藿香、大黄、红景天、薄荷脑、甘草；清开灵颗粒主要成分包括胆酸、珍珠母、猪去氧胆酸、栀子、水牛角、板蓝根、黄芩苷、金银花。
2.功效不同：连花清瘟胶囊具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，主要用于治疗流行性感冒属热毒袭肺证，症见发热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛、舌偏红、苔黄或黄腻等；清开灵颗粒具有清热解毒、镇静安神的功效，主要用于治疗外感风热时毒、火毒内盛所致发热、烦躁不安、咽喉肿痛、舌质红绛、苔黄、脉数者；上呼吸道感染、病毒性感冒、急性咽炎、急性扁桃体炎、急性气管炎等病症。
3.不良反应不同：连花清瘟胶囊不良反应尚不明确；清开灵颗粒偶见过敏反应，如皮疹、面红、局部疼痛等。
4.注意事项不同：连花清瘟胶囊运动员慎用，风寒感冒者不适用；清开灵颗粒孕妇、哺乳期妇女禁用，风寒感冒者不适用，久病体虚患者如出现腹泻时慎用。
需要注意的是，以上内容仅供参考，具体用药请在医生或药师的指导下进行，避免自行用药。