全国甲亢专科医院排名是一个相对的概念，因为甲亢的治疗需要综合考虑医院的多个方面，如医疗技术、专家团队、设备设施、服务质量等。以下是一些在甲亢治疗方面较为知名的专科医院：
1.中国医学科学院北京协和医院
2.上海交通大学医学院附属瑞金医院
3.中山大学附属第一医院
4.四川大学华西医院
5.中国人民解放军总医院
6.复旦大学附属中山医院
7.华中科技大学同济医学院附属协和医院
8.中南大学湘雅二医院
9.浙江大学医学院附属第一医院
10.江苏省人民医院
需要注意的是，选择甲亢专科医院时，除了考虑排名外，还应结合自身实际情况，如病情严重程度、经济状况等，选择适合自己的医院。同时，在治疗过程中，应遵循医生的建议，积极配合治疗，以提高治疗效果。