只要严格把握好手术适应证，眼部激光手术通常安全可靠，但是也会有小部分患者合并有后遗症，主要包括以下几种。
1、术后干眼：激光手术后，部分患者在术后的早期，可以出现眼睛干涩的症状，可能是患了干眼症。激光近视手术会切断角膜前基质层内的感觉神经丛，在术后早期可以导致角膜知觉的减退，进而引发瞬目反射减少，从而导致基础分泌泪液的减少。泪液的减少在早期可以导致干眼症，但是随着时间的推移，大部分患者可以恢复。
2、出现过矫或欠矫：激光近视手术的过程中，矫正的结果与目标值偏高或偏低，超过100度则称为过矫或欠矫。
3、近视度数反弹：有些患者做完手术后会出现近视度数的反弹，大部分患者做完激光手术后，可以保持良好的屈光状态，但是有一部分患者由于自身的原因，或者是用眼过度不当，可以导致近视度数反弹。
4、其他不适：有些患者可以出现眩光、干眼、复视，或者夜间视觉质量差等症状，少部分人会出现角膜的感染，或者是角膜的炎症。