月经干净后3~7天做B超最好。
月经期间，卵巢囊肿可能会发生蒂扭转、破裂等并发症，导致急腹症，影响检查结果的准确性。月经刚结束时，子宫内膜刚刚修复，此时进行B超检查，结果可能会受到影响。而在月经干净后3~7天，子宫内膜比较薄，卵巢囊肿的显示会更加清晰，能够更准确地评估卵巢囊肿的大小、位置、形态等情况，以便及时发现问题并采取相应的治疗措施。
此外，在进行B超检查前，还需要注意以下几点：
1.检查前应适当憋尿，使膀胱充盈，以提高检查的清晰度。
2.检查时应放松心情，避免紧张情绪，以免影响检查结果。
3.如果正在服用药物，应告知医生，以便医生判断是否需要停药。
总之，月经干净后3~7天做B超检查卵巢囊肿最好，但具体时间还应根据个人情况和医生的建议来确定。如果对检查有任何疑问，应及时与医生沟通。