新生儿寒冷损伤综合征的主要病因是寒冷和（或）多种疾病所致，其具体病因如下：
1.新生儿体温调节中枢发育不成熟，体表面积相对较大，皮肤薄，血管丰富，易于失热，且棕色脂肪含量少，产热不足。
2.寒冷损伤：新生儿受寒，如暴露于寒冷环境、保暖不当等，会导致体温降低。
3.多种疾病：新生儿患有严重感染、窒息、心力衰竭、休克等疾病时，体温调节功能紊乱，产热减少，散热增加，也容易发生寒冷损伤综合征。
4.其他：如早产、低出生体重、颅内出血等，也与寒冷损伤综合征的发生有关。
总之，新生儿寒冷损伤综合征是多种因素综合作用的结果，寒冷和疾病是主要病因。对于新生儿，应注意保暖，预防感染等疾病的发生，以减少寒冷损伤综合征的发生。