三个月新生儿头皮有黄色结痂，通常是由以下原因引起的：
1.脂溢性皮炎：新生儿皮脂腺分泌旺盛，如果不及时清理，皮脂会与灰尘、头皮表皮细胞等混合，形成黄色结痂。这种情况在新生儿中很常见，通常会在出生后几周内出现，不需要特殊处理，会自行消退。家长可以用温水轻轻擦拭头皮，不要强行剥离结痂，以免损伤头皮引起感染。
2.湿疹：湿疹是一种过敏性皮肤病，也可能导致新生儿头皮出现黄色结痂。湿疹的原因很复杂，可能与遗传、过敏、环境等因素有关。除了头皮，湿疹还可能出现在面部、颈部、四肢等部位，伴有瘙痒、红肿等症状。如果怀疑是湿疹，建议及时就医，医生会根据病情给予相应的治疗。
3.头癣：头癣是由真菌感染引起的头皮疾病，也会导致头皮出现黄色结痂。头癣具有传染性，可能通过接触患病的宠物、与他人共用毛巾等方式传播。除了头皮症状外，还可能伴有脱发、断发等症状。如果怀疑是头癣，需要及时就医，进行真菌检查和治疗。
4.其他：头皮外伤、感染、银屑病等也可能导致新生儿头皮出现黄色结痂。
总之，如果发现三个月新生儿头皮有黄色结痂，建议及时就医，明确原因，以便采取相应的治疗措施。同时，家长要注意保持新生儿头皮清洁，避免过度摩擦和搔抓头皮。