头孢克肟和头孢克洛是两种常用的抗生素，都属于头孢菌素类药物，但它们在化学结构、抗菌谱、药代动力学等方面存在一些差异，具体如下：
1.化学结构：头孢克肟是第三代头孢菌素，其母核7-氨基头孢烷酸（7-ACA）的3位上含有一个极性的羧基，7位侧链为顺式的2-氨基噻唑；头孢克洛是第二代头孢菌素，其母核7-ACA的3位上没有羧基，7位侧链为反式的2-氯苯乙酰氨基。
2.抗菌谱：头孢克肟对革兰氏阳性菌和阴性菌都有较强的抗菌活性，尤其对革兰氏阴性菌中的肠杆菌科细菌如大肠埃希菌、克雷伯菌属、变形杆菌属等有高度的抗菌活性，对流感嗜血杆菌、淋病奈瑟球菌、脑膜炎奈瑟球菌等也有一定的抗菌活性；头孢克洛对革兰氏阳性菌的抗菌活性略强于头孢克肟，对革兰氏阴性菌中的流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌等有一定的抗菌活性，对肠球菌属等革兰氏阳性球菌的抗菌活性较弱。
3.药代动力学：头孢克肟口服吸收良好，生物利用度高，血药浓度达峰时间短，半衰期长，排泄迅速；头孢克洛口服吸收较差，生物利用度低，血药浓度达峰时间长，半衰期短，排泄较慢。
4.适应症：头孢克肟主要用于治疗敏感菌所致的呼吸道、泌尿道、胆道等部位的感染，如肺炎、肾盂肾炎、膀胱炎、胆囊炎等；头孢克洛主要用于治疗敏感菌所致的呼吸道、皮肤软组织、泌尿系统等部位的感染，如急性咽炎、扁桃体炎、急性支气管炎、脓疱疮、膀胱炎等。
5.不良反应：头孢克肟和头孢克洛的不良反应相似，主要有胃肠道反应、过敏反应、肝功能异常等，偶见二重感染。对青霉素类药物过敏者、肾功能不全者、孕妇及哺乳期妇女慎用。
综上所述，头孢克肟和头孢克洛的主要区别在于抗菌谱、药代动力学和适应症等方面，临床医生应根据患者的具体情况选择合适的药物。