半夜头疼疼醒，可能是以下原因引起：
1.睡眠呼吸暂停综合征：（一）上气道结构异常或呼吸中枢调节功能异常，导致睡眠时上气道反复发生塌陷、阻塞，出现呼吸暂停和低通气。（二）睡眠中反复发生呼吸暂停和低通气，可导致间歇性低氧、高碳酸血症以及睡眠结构紊乱，进而引起全身多系统器官损害。
2.丛集性头痛：（一）目前其病因及发病机制尚不完全清楚，可能与血管生成、神经源性炎症和神经递质等因素有关。（二）由于颅内、外血管扩张，刺激三叉神经自主神经性头痛，常在夜间或凌晨发作，呈一侧眼眶或（和）眶上眶周剧烈胀痛，可伴同侧眼结膜充血、流泪、鼻塞、流涕等。
3.高血压：（一）各种原因引起的血压升高，超出了脑血流自动调节的阈值（130/80mmHg），导致大脑灌注过多，引起头痛。（二）血压波动时，血管扩张和收缩，牵拉刺激血管痛觉末梢神经，引起头痛。
4.颈椎病：（一）颈椎间盘退行性改变，可压迫椎动脉或刺激椎动脉周围的交感神经丛，使椎动脉痉挛、管腔狭窄或闭塞，导致椎基底动脉供血不足，出现头痛。（二）当病变刺激或压迫第8颈神经或第1～2胸神经时，可引起颈源性头痛。
5.其他：（一）发热、贫血、低血糖、肺性脑病、系统性红斑狼疮、尿毒症、子痫、颅脑外伤、脑肿瘤等也可引起半夜头疼疼醒。（二）长期睡眠不足、压力过大、情绪紧张、强光刺激、噪音干扰等也可能导致头痛发作。
半夜头疼疼醒，可能还有其他原因，需要及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。