经期第三天进行性激素六项检查的参考值如下：
1.促卵泡生成激素（FSH）：该值在经期第三天一般为3.85~8.78IU/L。FSH能促进卵巢的卵泡发育和成熟。
2.促黄体生成素（LH）：其参考值在经期第三天为2.12~10.89IU/L。LH与FSH共同作用，促进卵巢排卵和黄体生成。
3.雌二醇（E2）：通常在21~251pg/ml之间。E2由卵巢分泌，主要促进女性第二性征的发育。
4.孕酮（P）：该值在经期第三天应为0.31~1.52ng/ml。P对维持妊娠至关重要。
5.睾酮（T）：其参考值为0.7~3.1ng/dl。T在女性体内主要由肾上腺和卵巢分泌，对维持女性的性欲和生殖功能有一定作用。
6.泌乳素（PRL）：正常范围为3.34~26.72ng/ml。PRL由垂体分泌，与乳腺发育和泌乳有关。
需要注意的是，性激素六项的参考值可能因实验室检测方法和不同的生理状态而有所差异。此外，个体的年龄、体重、健康状况等因素也可能对结果产生影响。如果对检查结果有疑虑或异常，应及时咨询医生，医生会根据具体情况进行评估和进一步的诊断。