怀孕40天孕囊大小约为1.2cm×0.9cm左右，但具体大小因人而异。
孕囊是原始的胎盘组织，被羊膜、血管网包裹的小胚胎。通常情况下，怀孕30天左右时，孕囊直径约为2mm；怀孕40天左右时，孕囊直径约为1.2cm；怀孕7周左右时，孕囊直径约为2.5cm。
孕囊的大小会因个体差异、受孕时间等因素而有所不同。如果孕囊大小与停经时间不符，可能提示存在以下情况：
孕囊过小：可能是受孕时间晚、胚胎发育不良等原因导致。需要结合孕酮、人绒毛膜促性腺激素（hCG）等指标进行综合判断，并在医生的指导下定期复查。
孕囊过大：可能是双胞胎、葡萄胎等原因引起。需要进一步进行B超检查、hCG测定等，以明确诊断。
此外，需要注意的是，仅凭孕囊大小无法确定胚胎的发育情况，还需要结合其他检查结果，如胎芽、胎心等。如果对孕囊大小或胚胎发育有任何疑问，应及时咨询医生，以便获得更专业的建议和指导。同时，在孕早期，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心情，合理饮食，按时进行产前检查。