孩子打完乙脑疫苗后，第一天高烧39度多，可能是正常的不良反应，也可能是其他原因引起的感染。以下是一些可能的原因和处理方法：
1.正常的不良反应：乙脑疫苗是一种减毒活疫苗，接种后可能会引起一些不良反应，如发热、头痛、乏力等。一般来说，这些不良反应会在接种后1-2天内自行缓解，不需要特殊处理。如果孩子的体温超过38.5度，可以给孩子服用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。同时，要注意让孩子多喝水，以防止脱水。
2.感染：孩子打完乙脑疫苗后，身体的免疫力可能会暂时下降，容易感染细菌或病毒。如果孩子出现了其他症状，如咳嗽、流鼻涕、喉咙痛等，可能是感染了其他疾病。此时，需要及时带孩子去医院就诊，进行相关的检查和治疗。
3.其他原因：孩子打完乙脑疫苗后，高烧39度多，也可能是其他原因引起的，如过敏、血液系统疾病等。此时，需要及时带孩子去医院就诊，进行相关的检查和治疗。
需要注意的是，如果孩子的体温持续升高或出现其他异常症状，如呼吸急促、抽搐、意识不清等，应立即就医。同时，在孩子接种疫苗后，要注意观察孩子的身体状况，如有异常应及时就医。