女生来大姨妈时疼痛程度不同的原因主要有以下几点：
1.前列腺素水平：前列腺素是一种在月经期间会释放的激素，它可以引起子宫收缩和疼痛。有些女性的身体对前列腺素的反应比较敏感，因此会感到更强烈的疼痛。
2.子宫收缩：月经期间，子宫会收缩以排出经血。收缩的强度和频率可能会因个体差异而有所不同，这也会影响疼痛的程度。
3.子宫内膜异位症：这是一种子宫内膜组织在子宫以外的部位生长的疾病，它可能导致月经期间的疼痛。
4.盆腔炎：盆腔炎是一种盆腔内器官的感染，也可能引起月经期间的疼痛。
5.心理因素：情绪压力、焦虑和抑郁等心理因素可能会影响身体对疼痛的感知，导致一些女性在月经期间感到更疼痛。
6.遗传因素：有些女性可能天生对疼痛更敏感，因此在月经期间更容易感到疼痛。
需要注意的是，每个人的身体状况和生理反应都是独特的，因此月经期间的疼痛程度也会因人而异。如果疼痛严重影响生活质量，可以考虑咨询医生，寻求适当的治疗方法。同时，保持健康的生活方式，如均衡饮食、适量运动和减轻压力，也有助于缓解月经期间的不适。