3岁宝宝脸上起疙瘩，可能与以下原因有关。
1.湿疹：如果宝宝属于过敏体质，接触过敏原后，可能会引发湿疹，导致脸上起红疙瘩。此外，宝宝穿着的衣物材质粗糙、涂抹的护肤品不合适等，也可能会诱发湿疹。
2.痤疮：痤疮是一种毛囊皮脂腺的慢性炎症性疾病，可发生于任何年龄段。宝宝脸上起红疙瘩，也可能是痤疮引起的。
3.虫咬性皮炎：如果宝宝脸上的红疙瘩呈纺锤形水肿性红色斑疹，中央有小水疱，可能是虫咬性皮炎所致。这是由于蚊虫叮咬皮肤后，注入唾液，导致宝宝出现过敏反应。
4.手足口病：手足口病是由肠道病毒感染引起的一种传染病，可通过消化道、呼吸道和密切接触等途径传播。多发生于5岁以下儿童，表现为口痛、厌食、低热，手、足、口腔等部位出现小疱疹或小溃疡。
5.水痘：水痘是由水痘-带状疱疹病毒初次感染引起的急性传染病，主要发生在婴幼儿和学龄前儿童。水痘的皮疹首先出现于头部和躯干，继而向四肢蔓延，以躯干部皮疹最多，可伴有发热、头痛、咽痛等症状。
如果宝宝脸上的疙瘩持续不消退或逐渐加重，建议及时就医，明确原因后进行针对性治疗。同时，要注意保持宝宝皮肤清洁，避免搔抓，以免引起感染。