颧骨磨骨手术可能出现一些后遗症，一般在术后短期内或长期都可能发生。
感染风险
手术过程中若无菌操作不严格等，术后有感染的可能，表现为局部红肿热痛，严重时可能伴有发热等全身症状。这是因为手术创口为细菌提供了侵入机会，若术后护理不当也易引发感染。
面部神经损伤
手术操作不当可能损伤面部神经，导致面部感觉异常，如麻木等情况。因为面部神经分布较为复杂，磨骨过程中稍有偏差就可能波及神经。
双侧不对称
手术操作难以保证绝对精准，可能出现双侧颧骨磨削程度不一致，导致面部不对称。这与医生的操作技巧和经验有关，若术中对两侧的把控不够精准就易出现这种情况。
面部塌陷
过度磨骨可能造成面部塌陷，影响面部美观。因为颧骨对维持面部轮廓有重要作用，磨骨量过多会打破面部原有的轮廓平衡。
对于有颧骨磨骨意愿的人群，术前需充分了解风险，选择正规医疗机构和经验丰富的医生。同时，不同年龄、健康状况的人群风险承受能力不同，如年龄较大者身体恢复相对较慢，更要谨慎考虑，术后要严格遵循医嘱进行护理，以降低后遗症发生的概率。