根据生殖器官上长两个小水泡的原因，可能是以下几种疾病：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起的性传播疾病。主要通过性接触传播，少数情况下也可通过间接接触传播。生殖器疱疹的症状包括外生殖器或肛门周围出现水疱、溃疡、疼痛等。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病。主要通过性接触传播，少数情况下也可通过间接接触传播。尖锐湿疣的症状包括外生殖器或肛门周围出现乳头状、菜花状或鸡冠状的赘生物。
3.梅毒：由梅毒螺旋体感染引起的性传播疾病。主要通过性接触传播，少数情况下也可通过间接接触传播。梅毒的症状包括外生殖器出现溃疡、丘疹、脓疱等。
4.其他：外生殖器部位的炎症、过敏、损伤等也可能导致水疱的出现。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体的诊断需要结合病史、症状、体征、实验室检查等综合判断。如果发现生殖器官上长了两个小水泡，建议及时就医，进行相关检查和治疗。同时，应避免不洁性行为，保持外生殖器的清洁卫生，避免搔抓和摩擦，以免加重病情。
对于特殊人群，如孕妇、免疫力低下者、性伴侣较多者等，应更加重视生殖器官健康，定期进行检查和咨询。如果有任何疑问或不适，应及时就医，以便早期诊断和治疗。