引起畸形精子症的原因比较复杂，主要有以下几个方面：
1.精索静脉曲张：精索静脉曲张会导致睾丸局部温度升高，血管活性物质增加，从而影响精子的发生。
2.生殖道感染：附睾、输精管、精囊和前列腺等生殖道或生殖腺体的急慢性炎症都可降低精子的运动能力。
3.内分泌异常：男性正常生精功能依赖于下丘脑-垂体-性腺轴功能的正常，其中任何一个环节障碍，都会影响生精功能，其它如甲状腺、肾上腺疾病也会影响生殖腺功能而致精子畸形率升高。
4.吸烟酗酒：吸烟和酗酒是精子的大敌，香烟中的尼古丁等通过对精子的直接和间接损伤而影响精子活力，长期酗酒会导致精子发育畸形。
5.其他因素：化学制剂、辐射、环境污染等因素，都可以引起精子畸形。
对于畸形精子症的治疗，需要根据具体病因进行针对性治疗。如果是精索静脉曲张引起的，可以采用手术治疗；如果是生殖道感染引起的，需要进行抗感染治疗；如果是内分泌异常引起的，需要进行相应的内分泌治疗。此外，还可以通过调整生活习惯、避免接触有害物质等方式来改善精子畸形的情况。
需要注意的是，畸形精子症可能会影响男性的生育能力，因此如果备孕一年以上没有成功受孕，或者妻子多次出现自然流产，应该及时到医院进行检查和治疗。同时，在治疗过程中，需要注意保持良好的生活习惯，避免吸烟酗酒，避免长时间接触有害物质，适当进行体育锻炼，保持心情舒畅，有助于提高治疗效果。