怀孕13周时小腹总疼，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕13周时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫圆韧带，引起小腹疼痛。这种疼痛通常为牵扯痛，休息后可缓解。
2.先兆流产：如果小腹疼痛同时伴有阴道流血，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行超声检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以了解胎儿的情况。医生可能会建议卧床休息、使用孕激素等药物进行保胎治疗。
3.胃肠道问题：如果小腹疼痛同时伴有恶心、呕吐、腹泻等胃肠道症状，可能是胃肠道问题引起的。例如，消化不良、胃炎、肠炎等。可以调整饮食，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，多喝水，注意休息。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。
4.其他：怀孕13周时，小腹疼痛还可能与其他因素有关，如阑尾炎、输尿管结石等。如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，如高热、寒战、阴道流液等，应及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。
总之，怀孕13周时小腹总疼需要引起重视，建议及时就医，进行相关检查，以了解胎儿的情况，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心态，有利于胎儿的健康发育。