引起婴儿睡醒后咳嗽的原因可能是生理因素，也可能与疾病有关，具体分析如下：
1.生理因素：
空气干燥：空气干燥可能会刺激婴儿的呼吸道，导致咳嗽。
吞咽口水：婴儿在睡眠时可能会吞咽口水，这可能会刺激喉部引起咳嗽。
睡姿不当：婴儿睡觉时如果体位不当，可能会压迫呼吸道，导致咳嗽。
2.疾病因素：
上呼吸道感染：婴儿上呼吸道感染时，可能会出现咳嗽、流涕、鼻塞等症状。
支气管炎：婴儿支气管炎时，可能会出现咳嗽、咳痰、喘息等症状。
肺炎：婴儿肺炎时，可能会出现咳嗽、发热、呼吸急促等症状。
过敏：如果婴儿对某些物质过敏，如花粉、尘螨等，可能会在睡醒后咳嗽。
胃食管反流：婴儿胃食管反流时，胃酸可能会反流到喉部，刺激喉部引起咳嗽。
如果婴儿睡醒后咳嗽持续时间较长或伴有其他症状，如发热、喘息、呼吸急促等，建议及时就医，以明确病因并进行相应的治疗。