小便颜色发红发深可能是以下原因导致的：
1.生理性原因：
饮水量过少：饮水过少会导致尿液浓缩，使小便颜色加深。
食物因素：食用了某些食物，如红心火龙果、甜菜根等，可能会使小便颜色发红。
药物影响：某些药物，如利福平、华法林等，可能会导致小便颜色发红。
2.病理性原因：
泌尿系统感染：如尿道炎、膀胱炎等，炎症刺激可导致小便发红。
泌尿系统结石：如肾结石、输尿管结石等，结石移动可能导致黏膜损伤，引起小便出血。
泌尿系统肿瘤：如膀胱癌、肾癌等，肿瘤侵犯血管可导致小便带血。
其他：肾小球肾炎、胡桃夹综合征等也可能导致小便颜色发红。
如果发现小便颜色发红发深，建议及时就医，进行相关检查，如尿常规、血常规、泌尿系统超声等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意休息，多饮水，避免食用辛辣刺激性食物。如果是药物引起的，应在医生的指导下调整用药。如果是疾病导致的，应积极治疗原发疾病。