怀孕40天有褐色东西流出可能是先兆流产、宫外孕或其他原因，需要及时就医，通过检查明确诊断，并采取相应的治疗措施。以下是可能的原因和建议：
1.先兆流产：在孕早期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、孕酮水平低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量褐色分泌物。应注意休息，避免劳累和性生活，及时就医，医生一般会建议卧床休息、使用黄体酮等孕激素保胎治疗。
2.宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床发育，称为宫外孕，其中以输卵管妊娠最常见。宫外孕可能导致阴道流血、腹痛等症状，需要及时就医，通过超声检查等明确诊断，并采取手术或药物治疗。
3.其他：葡萄胎、宫颈息肉、宫颈炎等也可能导致怀孕后阴道流血。
葡萄胎：是一种异常妊娠，胎盘绒毛滋养细胞增生，间质高度水肿，形成大小不一的水泡，水泡间借蒂相连成串，形如葡萄。停经后阴道流血为典型症状，多发生于停经后8-12周。
宫颈息肉：是宫颈管黏膜局部增生，逐渐向外突出形成的息肉，颜色鲜红、质软、脆弱、易出血。
宫颈炎：可因细菌、病毒等感染引起，表现为阴道分泌物增多、性交后出血、下腹或腰骶部疼痛等。
总之，怀孕40天有褐色东西流出需要引起重视，及时就医，明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时产检。