怀孕40天时孕囊大小约为1.0cm左右。孕囊是原始的胎盘组织，在怀孕最初的形态，被羊膜、血管网包裹的小胚胎。在怀孕6周时孕囊直径约2cm，怀孕10周时约5cm左右。通常在怀孕50天左右时进行B超检查，能够看到胎芽和胎心搏动。但孕囊的大小存在个体差异，与受孕时间早晚有关，只要孕囊不断生长，有胎芽和胎心搏动，就不必过于担心。
需要注意的是，怀孕40天左右时，孕囊可能还没有到达子宫腔，也可能存在宫外孕的风险。因此，需要结合血HCG（人绒毛膜促性腺激素）、孕酮等检查结果，综合判断孕囊的位置和发育情况。如果出现腹痛、阴道流血等异常情况，应及时就医。