男朋友生殖器官上长了两个小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致，主要通过性接触传播。初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。红色或污灰色。根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，触之易出血。皮损裂缝间常有脓性分泌物郁积，致有恶臭，且可因搔抓而引起继发感染。本病常无自觉症状，部分病人可出现异物感、痛、痒感或性交痛。直肠内尖锐湿疣可发生疼痛、便血、里急后重感。
2.珍珠状阴茎丘疹：是一种环绕阴茎冠状边缘和冠状沟的淡红色、或白色的珍珠状半透明丘疹，可为生理发育上的变异。多见于20-50岁青壮年。无自觉症状。皮疹互不融合，无溃破。本病不会引起任何不良后果，一般无需治疗。
3.皮脂腺异位症：是由于皮脂腺发育的生理性变型和皮脂腺增生所致。本病多发生于青春期后，中年人较多见。表现为粟粒大小的扁平丘疹，散在或密集，如鱼子状。皮疹无自觉症状。本病一般不需要治疗。
4.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。初起为米粒大的半球形丘疹，逐渐增大至豌豆大，中心微凹，表面有蜡样光泽，呈灰白色或珍珠色。挑破顶端后，可挤出白色乳酪样物质，称为软疣小体。皮疹数目不定，不融合，可分批出现。一般无自觉症状。本病可通过直接接触或间接接触传播，搔抓后可自体接种。治疗方法包括疣体夹除、冷冻、激光等。
5.阴茎肿瘤：包括阴茎癌和阴茎肉瘤等。阴茎癌是起源于阴茎头、冠状沟和包皮内板黏膜以及阴茎皮肤的恶性肿瘤。阴茎肉瘤则是起源于阴茎海绵体肌和筋膜的恶性肿瘤。早期表现为阴茎头或包皮内板的丘疹、疣或溃疡，逐渐增大，可伴有疼痛和出血。晚期可出现阴茎肿大、变形和疼痛。治疗方法包括手术、放疗、化疗等。
如果发现男朋友生殖器官上长了小疙瘩，建议及时就医，明确诊断，并根据具体情况进行相应的治疗。同时，在治疗期间应避免性生活，以免传染给对方。