十六岁男孩个子矮是否还有长高的办法，需要根据骨骺是否闭合来判断。如果骨骺尚未闭合，男孩还有长高的可能；如果骨骺已经闭合，通常就不能再长高了。
影响身高的因素主要有两个，一个是遗传，另一个是后天的营养、运动、睡眠等。一般来说，男孩的身高增长可以持续到青春期结束，青春期结束的标志是骨骺完全闭合。
判断男孩骨骺是否闭合，可以通过拍骨龄片来确定。如果骨龄片显示骨骺尚未闭合，那么男孩还有长高的潜力。此时，可以通过以下方法来帮助长高：
1.合理饮食：保证摄入足够的蛋白质、维生素、矿物质等营养物质，避免挑食、偏食等不良饮食习惯。
2.适量运动：适量的运动可以刺激生长激素的分泌，促进骨骼的生长发育。男孩可以选择一些适合自己的运动，如篮球、足球、游泳等。
3.保证睡眠：睡眠是促进生长激素分泌的重要时期，男孩要保证充足的睡眠时间，避免熬夜。
4.保持良好的心态：心理压力过大可能会影响生长激素的分泌，男孩要保持良好的心态，避免过度紧张、焦虑等情绪。
如果骨龄片显示骨骺已经闭合，那么男孩长高的潜力就非常有限了。此时，家长可以通过其他方面来帮助男孩提高身高，如保持良好的姿势、选择合适的鞋子等。
需要注意的是，每个人的生长发育情况都不同，如果对身高有疑虑，最好及时咨询医生或专业的营养师，以便采取相应的措施。