牙根部牙龈发黑可能有以下原因：
1.外源性色素沉着：长期吸烟、喝咖啡、喝茶等习惯可能导致色素沉着在牙齿和牙龈上，使牙龈看起来发黑。
2.牙结石：牙结石是由牙菌斑和食物残渣钙化形成的，它会覆盖在牙齿和牙龈上，导致牙龈发炎、红肿，甚至出血。如果牙结石长期存在，可能会使牙龈变黑。
3.龋齿：龋齿（蛀牙）会导致牙齿表面的珐琅质受损，形成龋洞。如果龋洞不及时治疗，可能会感染牙髓，导致牙龈发炎、肿胀，甚至出现瘘管，使牙龈变黑。
4.药物：某些药物，如四环素类抗生素，可能会导致牙齿和牙龈变色。
5.牙龈疾病：牙龈炎、牙周炎等牙龈疾病可能导致牙龈发炎、红肿，甚至萎缩，使牙根暴露，从而使牙龈看起来发黑。
6.全身性疾病：某些全身性疾病，如贫血、糖尿病等，可能会影响牙龈的血液循环和代谢，导致牙龈变色。
如果发现牙根部牙龈发黑，建议及时就医，进行口腔检查和诊断。医生可能会根据具体情况采取以下治疗措施：
1.洁牙：通过洗牙去除牙齿表面的牙结石和色素沉着，保持口腔清洁。
2.治疗龋齿：如果龋齿导致牙龈发炎，需要进行补牙或根管治疗等。
3.治疗牙龈疾病：如果是牙龈疾病引起的牙龈发黑，需要进行牙周治疗，包括龈上洁治、龈下刮治等。
4.调整生活习惯：戒烟、减少咖啡和茶的摄入，保持良好的口腔卫生习惯。
5.治疗全身性疾病：如果牙龈发黑是由全身性疾病引起的，需要治疗原发疾病。
需要注意的是，不同原因导致的牙龈发黑治疗方法可能不同。在治疗过程中，需要遵循医生的建议，积极配合治疗，并注意口腔卫生，保持良好的生活习惯。如果牙龈发黑的情况持续不改善或伴有其他症状，应及时复诊。