新生儿先天性甲状腺功能低下主要是由于甲状腺发育异常，如甲状腺缺如或发育不全，这是常见原因之一，多与遗传因素等有关。
甲状腺激素合成障碍
甲状腺激素合成过程中相关酶缺陷会导致其合成不足，从而引发先天性甲状腺功能低下，这与基因缺陷等因素相关。
促甲状腺激素缺乏
垂体分泌促甲状腺激素不足，使得甲状腺不能正常分泌甲状腺激素，进而出现该病症，可能与垂体发育异常等情况有关。
母亲因素影响
母亲在孕期服用抗甲状腺药物等，可能会影响胎儿甲状腺功能，导致新生儿先天性甲状腺功能低下，孕期母亲的健康状况对胎儿甲状腺发育有重要影响。
对于新生儿先天性甲状腺功能低下，需及时关注，早期发现并干预，以保障新生儿正常生长发育，尤其要注意关注新生儿的生长发育指标变化，如身高、智力发育等方面，若有异常应及时就医检查。