例假推迟12天且伴有肚子疼、腰疼，可能是以下原因导致：
1.怀孕：育龄期女性，有性生活，例假推迟12天，伴有肚子疼、腰疼，首先要考虑怀孕的可能。怀孕后，体内激素水平变化，可能会出现肚子疼、腰疼等症状。此外，还可能伴有恶心、呕吐、乏力等症状。可以通过验孕棒或早孕试纸检测，或者到医院抽血查人绒毛膜促性腺激素（HCG）来确诊。
2.内分泌失调：如果长期压力过大、精神紧张、熬夜等，可能会导致内分泌失调，从而影响月经周期。内分泌失调还可能伴有其他症状，如面部痤疮、乳房胀痛、脾气暴躁等。
3.妇科疾病：如盆腔炎、子宫内膜异位症、子宫肌瘤等，也可能导致例假推迟、肚子疼、腰疼等症状。盆腔炎多伴有下腹坠胀、疼痛、腰骶部酸痛等症状；子宫内膜异位症多伴有进行性加重的痛经；子宫肌瘤可能伴有月经量增多、经期延长等症状。
4.其他：如卵巢早衰、宫腔粘连等，也可能导致例假推迟。
如果例假推迟12天，伴有肚子疼、腰疼，建议及时到医院就诊，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情舒畅。