男性尿道刺痛是否会自愈，取决于引起尿道刺痛的原因。一般来说，如果是轻微的尿道刺痛，且原因是由于生理性因素引起的，如憋尿、性生活后等，可能会自愈。但如果尿道刺痛是由于感染、结石、肿瘤等疾病引起的，通常不会自愈，需要及时就医治疗。
引起男性尿道刺痛的原因主要有以下几种：
1.感染：如尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等，这些炎症会导致尿道黏膜充血、水肿，从而引起疼痛。
2.结石：如尿道结石、膀胱结石等，结石在尿道内移动时会刺激尿道黏膜，引起疼痛。
3.肿瘤：如尿道癌、膀胱癌等，肿瘤会侵犯尿道黏膜，引起疼痛。
4.其他：如尿道损伤、尿道狭窄、尿道异物等，也会引起尿道刺痛。
如果男性出现尿道刺痛，需要及时就医，进行相关检查，如尿常规、尿培养、尿道镜检查等，以明确病因。根据病因进行针对性治疗，如抗感染治疗、排石治疗、手术治疗等。同时，患者需要注意个人卫生，多喝水，勤排尿，避免憋尿和久坐。
需要注意的是，有些男性在出现尿道刺痛后，可能会自行购买抗生素进行治疗。这种做法是不正确的，因为尿道刺痛可能是由多种原因引起的，使用抗生素可能会导致病情加重或延误治疗。此外，一些男性可能会因为尿道刺痛而感到焦虑和紧张，这种情绪也会加重尿道刺痛的症状。因此，患者需要保持良好的心态，积极配合医生的治疗。
总之，男性尿道刺痛是否会自愈，需要根据具体情况进行判断。如果尿道刺痛持续时间较长或伴有其他症状，如尿频、尿急、尿痛、血尿等，应及时就医，以免延误病情。