早上醒来肚子疼可能是由以下原因引起：
1.夜间睡眠时腹部受凉，导致胃肠道痉挛，从而引起腹痛。
2.晚餐过饱或饮食不洁，使胃肠道负担加重，引起消化不良，导致腹痛。
3.患有胃肠道疾病，如胃炎、胃溃疡、肠炎等，在清晨时可能因胃酸分泌过多或炎症刺激而引起腹痛。
4.腹部其他脏器的疾病，如胆囊炎、胆结石、胰腺炎等，也可能在早上醒来时出现腹痛症状。
针对不同原因引起的早上醒来肚子疼，治疗方法也有所不同：
1.对于腹部受凉引起的肚子疼，可以用热水袋热敷腹部，同时注意腹部保暖，避免再次受凉。
2.晚餐应避免过饱或饮食不洁，尽量选择清淡易消化的食物。
3.如果是胃肠道疾病引起的肚子疼，需要在医生的指导下进行药物治疗，同时注意饮食调理。
4.对于腹部其他脏器疾病引起的肚子疼，需要及时就医，进行相关检查和治疗。
总之，早上醒来肚子疼可能是多种原因引起的，如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，应及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。