低位肛瘘手术在一般情况下是不痛的。肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，中医也称之为“肛漏”。发病率仅次于痔，多见于男性青壮年，可能与男性的性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有关。
手术治疗的原理是将瘘管切开或切除，使其成为开放的创面，促进愈合。手术过程中，医生会使用局部麻醉或骶管麻醉等方法，使患者在手术过程中不会感到疼痛。手术后，患者可能会在麻醉消退后感到一定程度的疼痛，但这种疼痛通常可以通过使用止痛药来缓解。
需要注意的是，手术后的疼痛程度因人而异，一些患者可能对疼痛更为敏感，需要更加强力的止痛药。同时，手术后的护理也非常重要，患者需要注意保持伤口清洁，避免感染，同时按照医生的建议进行饮食和活动，以促进伤口愈合。如果患者在手术后出现剧烈的疼痛、发热、出血等异常情况，应及时就医。