儿童夜间咳嗽且有痰时，可选择的药物包括止咳祛痰药、抗生素、抗病毒药等，具体如下：
1.止咳祛痰药：如氨溴索、氨溴特罗等，能稀释痰液，促进痰液咳出。
2.抗生素：如果咳嗽、咳痰是由细菌感染引起的，可使用抗生素，如阿莫西林、头孢克洛等。但需注意，抗生素不能滥用，应在医生的指导下使用。
3.抗病毒药：如果是病毒感染引起的咳嗽、咳痰，一般不需要使用抗病毒药。
此外，还可以使用一些中药，如蒲地蓝消炎口服液、双黄连口服液等，具有清热解毒、止咳化痰的作用。
需要注意的是，儿童咳嗽、咳痰的原因很多，如过敏、肺炎等，治疗药物也不同。因此，在给儿童用药前，最好先带孩子去医院就诊，明确病因，在医生的指导下选择合适的药物进行治疗。同时，要注意给孩子多喝水，保持室内空气湿润，饮食清淡，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。