同房两天后小腹微微痛，可能是以下原因引起：
1.生理因素：
同房时动作过于剧烈，可能导致腹部肌肉痉挛，引起腹痛。
同房时未注意卫生，细菌上行感染，引起盆腔炎、宫颈炎等炎症，也可能导致腹痛。
2.其他因素：
排卵期：如果同房正好赶上排卵期，卵子排出时卵泡破裂以及排卵后卵泡液对腹膜的刺激，可能会导致小腹痛。
怀孕：如果同房时没有采取避孕措施，小腹痛也可能是怀孕的表现，受精卵着床时可能会引起小腹刺痛。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、阴道出血等，应及时就医，明确病因，并进行针对性治疗。
如果疼痛较轻，可以先观察，注意休息，避免剧烈运动和性生活。同时，要注意保持外阴清洁，避免感染。如果疼痛持续加重或伴有其他不适症状，应及时就医，进行相关检查，如白带常规、B超等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。