孕晚期B超单主要通过以下几个方面来判断胎儿性别：
1.孕囊形状：一般来说，孕囊呈长条状的是男宝，圆圆的是女宝。
2.双顶径和股骨长：双顶径即胎儿的头部横直径，股骨长则是胎儿的大腿骨长度。老一辈的说法是，头大腿短的是男孩，即双顶径-股骨长>2，头和腿相差小的是女孩，即双顶径-股骨长<2。
3.孕囊大小：需要有3个数据，若孕囊成等差数列，比如403020，则是女孩，若成等差数列的是403040，则是男孩。
4.胎儿生殖器：在孕晚期，B超可以清晰地看到胎儿的生殖器，从而判断性别。
需要注意的是，以上方法并不能保证100%准确，因为胎儿的性别在受孕时就已经确定，而且在孕晚期，胎儿的位置和姿势可能会影响B超的判断结果。此外，我国法律明确规定，禁止非医学需要的胎儿性别鉴定，所以无论是医生还是孕妇，都不应该通过B超单来判断胎儿性别。在孕期，最重要的是关注胎儿的健康和发育情况，而不是性别。