雌二醇低可能由多种原因引起。首先是卵巢功能减退，随着年龄增长，女性卵巢功能逐渐衰退，雌激素分泌减少，雌二醇水平会降低；对于育龄期女性，某些疾病如卵巢早衰，会导致卵巢不能正常分泌足够的雌二醇；其次，垂体病变也可能影响雌二醇水平，垂体功能异常会使促性腺激素分泌异常，进而影响卵巢功能导致雌二醇低；另外，下丘脑功能障碍也会波及雌二醇分泌，当下丘脑不能正常调节垂体促性腺激素分泌时，雌二醇的合成与分泌会受影响。
一、卵巢因素导致雌二醇低
卵巢是分泌雌二醇的主要器官，若卵巢本身出现问题，比如先天性卵巢发育不全，会使卵巢无法正常产生足够的雌二醇；还有手术切除部分卵巢组织后，剩余卵巢组织分泌功能受限，也会造成雌二醇低。对于年轻女性，若有卵巢炎等疾病，炎症破坏卵巢组织，影响其分泌功能，也可导致雌二醇水平降低。
二、垂体因素引发雌二醇低
垂体分泌的促性腺激素对卵巢功能有调节作用。垂体瘤等垂体病变会影响促性腺激素的分泌，使得卵巢得不到正常的刺激，从而雌二醇分泌减少。例如垂体泌乳素瘤，会异常分泌泌乳素，干扰正常的内分泌调节，导致雌二醇水平降低。
三、下丘脑因素造成雌二醇低
下丘脑分泌的促性腺激素释放激素调控垂体促性腺激素的分泌。当下丘脑功能紊乱，如遭受外伤、肿瘤等影响时，促性腺激素释放激素分泌异常，就会影响垂体促性腺激素的分泌，最终致使卵巢分泌雌二醇减少。比如下丘脑肿瘤压迫相关区域，影响激素分泌调节，进而出现雌二醇低的情况。
四、其他因素影响雌二醇低
生活方式也可能对雌二醇水平有影响，长期熬夜、过度节食等不良生活方式会干扰内分泌系统，影响雌二醇的分泌。对于有基础疾病的人群，如甲状腺功能减退症患者，甲状腺激素分泌异常会波及内分泌的整体平衡，可能导致雌二醇低。另外，一些遗传因素也可能导致个体自身雌二醇分泌存在缺陷，从而出现雌二醇低的状况。