黑眼球上长透明泡泡，可能是以下原因导致的：
1.泡性结膜炎：一种迟发性免疫反应，通常由于过敏或感染引起。可能与微生物蛋白质结合，通过结膜上皮细胞或巨噬细胞吞噬后，将抗原传递至T细胞，引起免疫反应。
2.结膜淋巴滤泡：结膜慢性炎症导致结膜局部组织的淋巴细胞聚集。
3.其他：如特发性、自身免疫性疾病等。
治疗方法如下：
1.药物治疗：根据病因不同，使用的药物也不同。如泡性结膜炎，可使用糖皮质激素滴眼液或眼膏；免疫性疾病可使用免疫抑制剂等。
2.手术治疗：对于保守治疗无效或病情严重的患者，可考虑手术治疗。
如果发现黑眼球上长透明泡泡，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，要注意眼部卫生，避免揉眼，避免过度用眼。